Почему софия предпочитает Молчалина…?

Потому, что Софья была по своему умна, предмет ее чтения были сентиментальные романы в которых описываются истории любви. Под влиянием этих романов у нее складывается представление об идеальным герое, которого она хотела полюбить. И таким романтический героем Софья воображала Молчалина.